La popolazione microbica presente negli alimenti in passato è stata ampiamente studiata mediante tecniche di microbiologia tradizionale basate sull’isolamento di colonie su terreni di coltura e sulla successiva identificazione fenotipica e biochimica. I problemi legati alla scarsa specificità, alla soggettività nell’interpretazione dei risultati, nonché all’eccessiva laboriosità, hanno reso necessario l’affiancamento di metodiche biomolecolari (approccio coltura dipendente). Tuttavia la presenza di microrganismi con difficoltà di crescita o addirittura incoltivabili può rappresentare un ostacolo. Oggi, le tecniche di sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing, NGS), hanno reso possibile la caratterizzazione di interi ecosistemi microbici negli alimenti senza dover ricorrere al passaggio preliminare di coltura (approccio coltura indipendente). In questo contesto molte matrici alimentari sono state caratterizzate a partire dalle materie prime fino al prodotto trasformato seguendo l’evoluzione della microflora. Il nostro gruppo di ricerca da anni lavora sulla caratterizzazione delle flore microbiche (ceppi alteranti e starter) del latte e dei prodotti lattiero caseari con tecniche coltura dipendenti (Amplified Frangments Lenght Polymorphisms, AFLP e Random Amplified Polymorphic DNA-PCR, RAPD-PCR) e tecniche coltura indipendenti NGS.

• "Caratterizzazione del latte d’asina: requisti igienico sanitari e caratterizzazione della flora microbica lattica" - Ricerca Locale, Università degli Studi di Torino - 2013
• "CCCP-Caratterizzazione, certificazione e controllo Plaisentif" (08000540149) finanziato dalla Regione Piemonte nell’ambito del programma Programma di Sviluppo rurale 2007-2014 – 2013.
• "Caratterizzazione del latte innesto nella produzione della Robiola di Roccaverano" - Ricerca Locale, Università degli Studi di Torino - 2017.

• Biolcati F., Andrighetto C., Bottero M.T., Dalmasso A. - Microbial characterization of an artisanal production of Robiola di Roccaverano cheese - Journal of Dairy Science - 2020 - p. 4056-4067.ISSN: 1525-3198, doi: 10.3168/jds.2019-17451
• Biolcati F., Bottero M.T., Dalmasso A. - Microbiological analysis of the Robiola di Roccaverano cheese by means of traditional culturing methods - Italian Journal of Food Safety - 2019 - vol. 8:8574, p. 209-212, ISSN: 2239-7132, doi: 10.4081/ijfs.2019.8574
• Soto del Rio M.dlD., Dalmasso A., Civera T., Bottero M.T. - Characterization of bacterial communities of donkey milk by high-through put sequencing -  International Journal of Food Microbiology - 2017 - vol. 251, p. 67-72, ISSN: 0168-1605, doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2017.03.023
• Dalmasso A., Soto del Rio M.dlD., Civera T., Pattono D., Cardazzo B., Bottero M.T. - Characterization of microbiota in Plaisentifcheese by high-through put sequencing - Lebensmittel-Wissenschaft + Technologie - 2016 - vol. 69, p. 490-496, ISSN: 0023-6438, doi: DOI: 10.1016/j.lwt.2016.02.004
• Soto del Rio M.dlD., Andrighetto C., Dalmasso A., Lombardi A., Civera T., Bottero M.T. - Isolation and characterisation of lactic acid bacteria from donkey milk - The Journal Of Dairy Research - 2016 - vol. 83, p. 383-386, ISSN: 0022-0299, doi: 10.1017/S0022029916000376
• Foschino R., Nucera D., Volponi G., Picozzi C., Ortoffi M., Bottero M.T. - Comparison of Lactococcus garvieae strains isolated in northern italy from dairy products and fishes through molecular typing - Journal of AppliedMicrobiology - 2008 - vol. 105(3):652-662.DOI: 10.1111/j.1365-2672.2008.03780.x