Negli ultimi anni, molti sforzi sono stati profusi per condurre e fondere insieme i risultati di analisi di reti di co-espressione genica conservata, previsioni funzionali di trascritti non codificanti e geni malattia. L'attività di ricerca si è concentrata su patologie umane (in particolare il cancro e i disturbi neurodegenerativi) così come sulla biologia animale, al fine di approfondire le conoscenze dei processi biologici fondamentali: dalla trascrizione ai meccanismi regolatori post-traduzionali. Dati di diverse tecniche (microarray, RNA-Seq, ChIP-Seq e altre tecnologie NGS) vengono analizzati e combinati insieme per offrire un quadro più completo e informativo dei processi fisiologici e patologici dei sistemi viventi.

• Next Generation Sequencing on poultry

• Ala U., Manco M., Mandili G., Tolosano E., Novelli F., Provero P., Altruda F., Fagoonee S. - Proteomics-Based Evidence for a Pro-Oncogenic Role of ESRP1 in Human Colorectal Cancer Cells - Int J Mol Sci . 2020 Jan 16;21(2):575. doi: 10.3390/ijms21020575.
• Karreth FA., Reschke M., Ruocco A., Ng C., Chapuy B., Léopold V., Sjoberg M., Keane TM., Verma A., Ala U., Tay Y., Wu D., Seitzer N., Velasco-Herrera MD., Bothmer A., Fung J., Langellotto F., Rodig SJ., Elemento O., Shipp MA., Adams DJ., Chiarle R., Pandolfi PP. - The BRAF Pseudogene Functions as a Competitive Endogenous RNA and Induces Lymphoma In Vivo - Cell. 2015 Apr 1. pii: S0092-8674(15)00244-5. PMID: 25843629, DOI: 10.1016/j.cell.2015.02.043
• Lunardi A., Ala U., Epping MT., Salmena L., Clohessy JG., Webster KA., Wang G., Mazzucchelli R., Bianconi M., Stack EC., Lis R., Patnaik A., Cantley LC., Bubley G., Cordon-Cardo C., Gerald WL., Montironi R., Signoretti S., Loda M., Nardella C., Pandolfi PP. - A co-clinical approach identifies mechanisms and potential therapies for androgen deprivation resistance in prostate cancer - Nat Genet. 2013 Jun 2;45(7):747-55. PMID: 23727860, DOI: 10.1038/ng.2650
• Ala U., Piro RM., Grassi E., Damasco C., Silengo L., Oti M., Provero P., Di Cunto F. - Prediction of human disease genes by human-mouse conserved coexpression analysis - PloS Comput Biol, 2008 Mar 28 ; 4(3). PMID: 18369433, DOI: 10.1371/journal.pcbi.1000043
• Piro RM., Ala U., Molineris I., Grassi E., Bracco C., Perego GP., Provero P., Di Cunto F. - An atlas of tissue-specific conserved coexpression for functional annotation and disease gene prediction - European Journal of Human Genetics. 2011 Jun 8. PMID: 21654723, DOI: 10.1038/ejhg.2011.96
• Ala U., Karreth FA., Bosia C., Pagnani A., Taulli R., Léopold V., Tay Y., Provero P., Zecchina R., Pandolfi PP. - Integrated transcriptional and competitive endogenous RNA networks are cross-regulated in permissive molecular environments - Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Apr 30;110(18):7154-9. PMID: 23536298, DOI: 10.1073/pnas.1222509110
• Gulluni F., Martini M., De Santis M.C., Campa C.C., Ghigo A., Margaria J.P., Ciraolo E., Franco I., Ugo Ala, Laura Annaratone, Davide Disalvatore, Giovanni Bertalot, Giuseppe Viale, Anna Noatynska, Mara Compagno, Sigismund S., Montemurro F., Thelen M., Fan Fan, Meraldi P., Marchiò C., Pece S., Sapino A., Chiarle R., Di Fiore P.P., Hirsch E. - Mitotic Spindle Assembly and Genomic Stability in Breast Cancer Require PI3K-C2α Scaffolding Function - Cancer Cell 9 October 2017 http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.09.002
• Annalisa Alfieri, Oksana Sorokina, Annie Adrait, Costanza Angelini, Isabella Russo, Alessandro Morellato, Michela Matteoli, Elisabetta Menna, Elisabetta Boeri Erba, Colin McLean, Douglas J Armstrong, Ugo Ala, Joseph D Buxbaum, Alfredo Brusco, Yohann Coutè, Silvia De Rubeis, Emilia Turco, Paola Defilippi. - Synaptic interactome mining reveals p140Cap as a new hub for PSD proteins involved in psychiatric and neurological disorders - Front. Mol. Neurosci., 30 June 2017 | https://doi.org/10.3389/fnmol.2017.00212 PMID: 28713243